Ολόκληρο το κείμενο έχει ως εξής:
"6 Συντελεστής ύψους
Αφορά στο αυθαίρετο ύψος, που συγκρίνεται με το επιτρεπόμενο από τους όρους δόμησης ύψος που ισχύει στη θέση του ακινήτου.
Σε περίπτωση αυθαίρετου ύψους τμήματος κτηρίου, ως βάση αναφοράς για τον υπολογισμό του ενιαίου ειδικού προστίμου, λαμβάνεται η αντίστοιχη επιφάνεια του τμήματος του κτηρίου.
Στις περιπτώσεις υπέρβασης ύψους κτηρίου το οποίο εκ κατασκευής έχει κατανεμηθεί σε ορόφους, οι ιδιοκτήτες κάθε ορόφου είναι υπόχρεοι και αναφέρουν το τμήμα που τους αναλογεί.

6(1)
Αναγράφεται σε εκατοστά του μέτρου το αυθαίρετο ύψος υπέργειων κατασκευών, που δεν καλύπτεται
  • είτε από οικοδομική άδεια,
  • είτε από το ύψος του νομίμως υφιστάμενου τμήματος κτηρίου ή κτηρίου που βρίσκεται στην ίδια στάθμη με την αυθαίρετη κατασκευή,
  • είτε από το επιτρεπόμενο ύψος που ισχύει στην περιοχή του ακινήτου."
Προφανώς είναι πλεονασμός το "είτε από οικοδομική άδεια" αφού όπως ακριβώς είπες, για να είναι αυθαίρετο δεν θα καλύπτεται από την οικοδομική άδεια.
Ούτε όμως μας λέει πώς θα αντιμετωπιστεί, αν δηλαδή θα υπολογιστεί πρόστιμο με αναλυτικό, στην περίπτωση του παραδείγματος που αναφέρεις.

Σε αντίστοιχη περίπτωση, αν είχα και υπέρβαση δόμησης θα το αγνοούσα εντελώς, δηλαδή δεν θα έβαζα κάποιο συντελεστή μεγαλύτερο της μονάδος (συντ. ύψους >1).
Το πρόστιμο θα προέκυπτε από τους άλλους συντελεστές.

Σε περίπτωση που δεν έχουμε υπέρβαση δόμησης, τότε πάμε στον συντελεστή δόμησης (συντ. 5) και βάζουμε 0,20 ή 0,40.

"5ε = 0,20 ή 0,40
ανάλογα με το ποσοστό υπέρβασης ύψους (§1 άρθρου 19).
Χρησιμοποιείται αποκλειστικά και μόνο σε περίπτωση υπέρβασης ύψους χωρίς υπέρβαση δόμησης οποιασδήποτε στάθμης (π.χ. νόμιμου υπογείου με βοηθητικές χρήσεις και αύξηση του ύψους του χωρίς να προκαλείται υπέρβαση ύψους στην ανωδομή)."